La chiesa è opera dei Gesuiti, ma le origini dell'edificio risalgono agli anni anteriori il Mille. Secondo quanto riportato da Giuseppe Nasalli, la chiesa di San Pietro avrebbe subito gravi danni per un incendio nel 1174.
Nel 1584 la parrocchia è retta da don Antonio Via che cede tutto alla Compagnia di Gesù. I Gesuiti se ne andarono definitivamente nel 1848. L'edificio venne usato come palestra fino al 1893 quando il comune lo passò nuovamente alla diocesi.
Nel 1914 fu eseguito il rifacimento dell'intonaco interno con affreschi del Morgari e decorazioni del Secchi. Da segnalare il pregevole altare maggiore barocco (1654) proveniente dalla cappella della Madonna del Popolo della Cattedrale, opera di G.B. Carrà da Bissone, che presenta opere pittoriche del De Longe.
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